依据中医理论，尖锐湿疣主要是由于湿热蕴毒引起。不但认识到尖锐湿疣的传染性，而且特别认识到尖锐湿疣患者的体质，内因和外因相互作用才发生疾病。(1)湿热之体由于素喜肥甘厚味，嗜好烟酒，湿热内蕴下注皮肤粘膜，使前后二阴局部潮湿，蕴久成毒，发为尖锐湿疣。(2)外染毒邪多由于不洁性交，感染湿浊毒邪，发为尖锐湿疣。
中医根据患者的体质和疣体的大小，结合全身症状，常划分为3型论治。它们是湿热下注证、外染毒邪证和气血瘀滞证。湿热下注证常发生于素体肥胖，阴部潮湿的患者；外染毒邪证常发生于不洁性交的患者；而气血瘀滞证主要见于湿疣日久，疣体灰暗的患者。
湿热下注证或有肛周皮损潮湿红润，或有包皮过长，或有白带过多或其他皮肤病。常伴口苦、口粘、口渴不喜饮水，大便粘滞不畅，小便黄。舌红苔黄腻，脉弦数。这是由于肝胆湿热下注，循经流注阴部所致。治疗宜清利湿热，解毒消疣，方药如下：苍术10g黄柏10g生苡仁30g土茯苓30g丹皮10g通草10g泽泻10g马齿苋30g。方中苍术、黄柏清下焦湿热；生苡仁健脾除湿，具有抗病毒的功能；配土茯苓、丹皮、通草、泽泻、马齿苋解毒除湿，活血化瘀。如湿热重者，可加入龙胆草10g；大便不通者，可加入芦荟10g。
外染毒邪证常见疣体增大迅速，或合并梅毒、淋病，有明确的不洁性交史。自觉症状常较轻或无，舌脉亦可正常。这是由于外染毒邪，毒气蕴滞，故疣体增大迅速。治疗宜清热解毒，常用方药为去疣三号方加减：马齿苋60g败酱草15g紫草15g大青叶15g木贼草15g。方中马齿苋为主药，清热解毒；配合败酱草、紫草、大青叶、木贼草加强清热解毒、活血散结之效。如皮损灰暗，或病程较长，酌加蜂房、丹参、红花等活血化瘀之品。
气血瘀滞证见于皮损暗红或暗褐色，增长缓慢，经久不消，或有疼痛的患者。舌暗淡，苔薄白，脉细涩。这是由于毒邪结聚日久，阻滞气机，致气血瘀阻所致。治疗宜理气活血、化瘀散结，常用方为桃红四物汤加减：桃仁10g红花10g川芎10g当归10g丹参10g蜂房10g柴胡10g夏枯草30g。方中取桃仁、红花、川芎、当归、丹参、蜂房活血化瘀；柴胡疏肝理气，引药直达病所；夏枯草清热解毒，软坚散结。如患者为气虚者，可加入生黄芪30g，补气解毒，提高机体免疫力；疣体坚硬者，可加入生龙牡各30g以软坚散结。
中医在漫长的实践中发现了很多有效的中药外洗方和一些有效的中药制剂。下面介绍几首中医效验方：(1)外用熏洗取马齿苋60g，枯矾30g，朴硝g。煎水熏洗，每日1～2次，每次20分钟。熏洗后以青黛散合六一散混合撒疣体上，保持干燥清洁。
(2)鸦胆子油外涂鸦胆子是一种常用的中草药，捣烂即可得鸦胆子油，它具有清热解毒，点灼疣体的功能。若疣体小者点涂患处，或用鸦胆子仁一份，花生油三份，浸泡半月后，涂于患处。
(3)水晶膏外涂水晶膏是中医的传统外用药，它是以生石灰和糯米调成的膏药，具有点灼疣体的作用。可取水晶膏直接涂于患处，每日1次，连用3～5天。
(4)木贼草膏木贼草g，水煎后滤出液再加热浓缩成糊状，将纱布条在药液中浸泡2天后取出敷于患处，每日3次。现代研究证明，木贼草具有良好的抗病毒作用，它已被广泛应用于扁平疣、寻常疣及尖锐湿疣的治疗中〔隋少庚.中国中西医结合杂志；〕。
(5)坐浴方明矾、白鲜皮、黄芩、板蓝根各30g，蛇床子、川椒、地肤子、芙蓉花各15g，上药用纱布包，加水煎至0mL，滤渣，降温至40℃，坐浴。本方适用于女性尖锐湿疣或男性尖锐湿疣范围广泛者〔王兴周.中国中西医结合杂志；13(5)∶〕。
(6)复方粉霜方由粉霜、轻粉、黄柏、生甘草各6g，密陀僧、老黄丹各9g，冰片5g组成。研细末，以凡士林调成25%软膏，以之点涂患处〔陈慈根.浙江中医杂志；〕。
(7)中药外用剂西胡椒30g，薄荷水5g，五倍子20g，共研细末，过目筛备用。用时取少许药粉敷患处，用手揉搓片刻，局部有麻凉、蛰痛等感觉，其程度因人而异，一般持续15～60分钟，每日用药数次〔张述文.中国皮肤性病学杂志；7(2)∶〕。
(8)疣灵擦剂板蓝根、苦参、生香附、木贼草、露蜂房各g，陈醋mL。使用方法：将上药置容器内，加水0mL，煮1小时，去渣过滤，得澄清液0mL，兑入陈醋，即成；分装，每瓶50mL，密封避光备用；用时，先用棉签将疣体及其周围正常皮肤擦干，用0.1%新洁尔灭溶液消毒，然后将药液涂于疣体上，待干。每日3次，2周为1疗程。
在中医书籍中，有很多的食疗方有助于尖锐湿疣的康复。它们的共同特点是具有清热解毒、除湿消疣的作用。
(1)蛇舌草饮(《中药大辞典》)：白花蛇舌草30～60g水煎取汁，去渣，调入蜂蜜适量，频饮。适应证：尖锐湿疣中医辨证属毒热者。
(2)菝葜饮(《中药大辞典》)菝葜根g、甘草25g，水煎2次，滤液合并，再以文火浓缩至mL，每服50mL，每日2次。适应证尖锐湿疣中医辨证属毒热者。
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